La perspective de genre permet également de clarifier les impacts sur la santé des hommes et des femmes. En matière de santé, il est important de comprendre les causes des différences et des inégalités entre les hommes et les femmes. Ce sont celles-ci qui, souvent, vont être déterminantes pour la réussite ou non de programmes de santé. En dehors des avantages sanitaires, cela soulève des questions éthiques, telles que l'accès à l'avortement ou la procréation assistée, et remet en question les hiérarchies du système de santé.